Du kannst das Logo nicht mit Link als Grafikdatei speichern. Das sind zwei vollkommen getrennte und unterschiedliche Dinge. Speichern kannst du nur das Logo. Den Link musst du über den Quellcode einfügen, möglicherweise bietet PI aber eine derartige Funktion (weiß ich nicht).
Ich habe mit PI noch keine Website erstellt (und werde es auch nicht tun).
PI ist mit Sicherheit ein hervorragendes Grafikprogramm, aber ich kann mir nicht vorstellen, dass es auch einen sauberen und standardkonformen Homepagecode erstellen kann. Den macht man besser selbst und manuell, auch ohne die sogen. WYSIWYG-Editoren.
Das ist ungefähr so wie beim Arzt: Wenn du das Bein gebrochen hast, gehst du sicher nicht zum Zahnarzt und bei Zahnschmerzen nicht zum Orthopäden. Soll heißen: Ein gutes Programm für seinen erdachten Zweck ist nicht unbedingt für andere Zwecke auch ein gutes Programm.
Deshalb empfehle ich dir, etwas HTML und CSS zu lernen, damit du deine Frage ohne PI lösen kannst.
Einen Einstieg hast du ja bereits gefunden ;-)

für die Blumen! (ist aber nicht meine Seite, ich hatte nur Gelegenheit, den Kurs dort zu veröffentlichen)